Microsoft gab die Version 2 des System Center Configuration Manager 2007 Toolkit frei. Gegenüber der ersten Version aus dem Jahr 2007 kommen mit Delete Group Class, MP Troubleshooter, Preload Package und Send Schedule 4 neue Module hinzu, Security Configuration Wizard Template wurde für den ConfigMgr 2007 R2 und Windows Server 2008 R2 aktualisiert. Die 4 Neuzugänge sind Wiedereinführungen von Werkzeugen aus dem SMS 2003 Toolkit.

Delete Group Class entfernt Definitionen von Inventargruppen inklusive Historie, Tabellen, Views und Stord Procedures für die Gruppen. Das Management Point Troubleshooter Tool überprüft einen Computer vor und nach einer Management Point Installation, das Preload Package Tool dient dazu, komprimierte Packages manuell auf ConfigMgr-Sites zu installieren. Send Schedule schließlich löst zeitgesteuert die Überprüfung von Desired Configuration Management (DCM) Baselines aus.